I 2012 blev han dømt for doping, da han deltog ved EM 2012 på kortbane. Han mistede i første omgang to medaljer, som han vandt ved europamesterskabet på kortbane,<ref>[http://www.dr.dk/Sporten/Oevrig_sport/2013/06/17/0617114624.htm Dopingramt dansk svømmer mister også VM-guld | Sport | DR<!-- Bot genereret titel -->]</ref> Seneremen blevhan ankede dommen, dogog senere, i februar 2014, vandt han apelsagen og dommen blev omstødt, såsåledes at han fik guldmedaljen tilbage som han vandt i 1500 meter fri,menved [[EM i kortbanesvømning 2012]], dommen var baseret på, at da han blev testet efter at han havde svømmet finalen i 1500 meter fri, så fandt man ikke noget.<ref>[https://www.swimmingworldmagazine.com/news/mads-glaesner-wins-doping-appeal-retains-world-title/ swimmingworldmagazine.com - Mads Glaesner Wins Doping Appeal, Retains World Title; FINA Posts Corrective Release]</ref> Dommen holdt dog fast ved, at han mistede den bronze-medalje som han vandt i 400 meter fri ved EM 2012 på kortbane. Årsagen til, at han blev testet positiv i doping, skyldtes i følge Glæsner selv, enat fejltagelse,han daved hanen fejltagelse kom til at anvende en amerikansk Vicks-inhalator, som indeholder et forbudt stof og derfor er forbudt at bruge i sportskonkurrencer, mens en dansk variant af den samme slags Vicks inhalator ikke er forbudt, da indholdet er forskelligt. Inhalatoren bruges mod forstoppelse i næsen. Der er ikke tale om en spray, man lugter til inhalatoren ved stoppet næse.<ref>[http://www.bt.dk/oevrig-sport/nu-taler-glaesner-ud-derfor-blev-jeg-testet-positiv bt.dk - Nu taler Glæsner ud: Derfor blev jeg testet positiv]</ref> Udover at miste bronzemedaljen, fik han også karantæne i tre måneder.<ref>[http://www.dr.dk/sporten/vicks-naesespray-skyld-i-glaesners-dopingdom dr.dk - Vicks næsespray skyld i Glæsners dopingdom]</ref>
