I sommeren 2012 skiftede Rasmussen til FCN.<ref>[http://hvidovre.lokalavisen.dk/farvel-til-hebo-/20120717/artikler/707179424 Farvel til Hebo], hvidovre.lokalavisen.dk], 17. juli 2014</ref> I sommeren 2014 var midtbanespilleren en ud af seks U/19 spillere, som blev rykket op i superligatruppen.<ref>[http://www.bold.dk/nyt/fcn-hiver-seks-95ere-i-superligatruppen FCN hiver seks 95’ere i Superligatruppen], bold.dk, 16. juni 2014</ref>
Hebo Rasmussen fik sin debut for FC Nordsjælland i [[Superligaen 2014-15|Superligaen]] den [[10. oktober]] [[2014]], da han blev skiftet ind i det 79. minut i stedet for [[Mario Ticinovic]] i en 0-0-kamp mod [[Randers FC]].<ref>[http://www.superstats.dk/kampe/4553 Access to this website has been blocked | Surftown<!-- Bot genereret titel -->]</ref> I sin første [[Superligaen 2014-15|halvsæson]] i Superligaen spillede han tre kampe,.<ref>[http://www.superstats.dk/spillere/spiller?id=2796&aar=2014/2015 Access to this website has been blocked | Surftown<!-- Bot genereret titel -->]</ref>I mensløbet han iaf efteråretsommeren [[Superligaen 2015-16|sæsonen efter2015]] også spillede han yderligere tre kampe.,<ref>[http://www.superstats.dk/spillere/spiller?id=2796&aar=2015/2016 Access to this website has been blocked | Surftown<!-- Bot genereret titel -->]</ref> Påinden denhan på sidste dagtransferdag i vintertransfervinduetsommertransfervinduet 20162015 blev detMathias offentliggjort, at FC Nordsjælland havde ophævet kontrakten medHebo Rasmussen,idetudlejet hantil var[[FC nåetVestsjælland]] til enighed medpå en unavngivenhalvårig klubaftale.<ref>[http://fcnfcvvikings.dk/2016/02/fcn-ophaever-med-mathias-hebo/index.php?id=51&tx_ttnews%5Btt_news%5D=4252 FCNWordPress ophæver med Mathias Hebo› opsætnings- FCog Nordsjællandkonfigurationsfil<!-- Bot genereret titel -->]</ref><ref>[http://www.boldtipsbladet.dk/fodboldnyhed/nyhedersuperliga/fcnfc-ladernordsjaelland-mathiassender-hebo-gaatalent-til-ny-klub/vestsjaelland FCNFC laderNordsjælland Mathiassender Hebo gåtalent til ny klubVestsjælland | boldTipsbladet.dk<!-- Bot genereret titel -->]</ref><ref>[http://www.tipsbladetb.dk/nyhedsport/superliga/fcfcn-nordsjaellandsaetter-ophaevertalent-kontraktpaa-medgraes-midtbanespilleri-fc-vestsjaelland FCFCN Nordsjællandsætter ophævertalent kontraktpå medgræs midtbanespilleri FC Vestsjælland - Sport | Tipsbladetwww.b.dk<!-- Bot genereret titel -->]</ref>
På den sidste dag i vintertransfervinduet 2016 blev det offentliggjort, at FC Nordsjælland havde ophævet kontrakten med Rasmussen, idet han var nået til enighed med en unavngiven klub.<ref>[http://fcn.dk/2016/02/fcn-ophaever-med-mathias-hebo/ FCN ophæver med Mathias Hebo - FC Nordsjælland<!-- Bot genereret titel -->]</ref><ref>[http://www.bold.dk/fodbold/nyheder/fcn-lader-mathias-hebo-gaa-til-ny-klub/ FCN lader Mathias Hebo gå til ny klub | bold.dk<!-- Bot genereret titel -->]</ref><ref>[http://www.tipsbladet.dk/nyhed/superliga/fc-nordsjaelland-ophaever-kontrakt-med-midtbanespiller FC Nordsjælland ophæver kontrakt med midtbanespiller | Tipsbladet.dk<!-- Bot genereret titel -->]</ref>
=== FC Vestsjælland ===
På sidste transferdag i sommertransfervinduet 2015 blev Mathias Hebo Rasmussen udlejet til [[FC Vestsjælland]] på en halvårig aftale.<ref>[http://fcvvikings.dk/index.php?id=51&tx_ttnews%5Btt_news%5D=4252 WordPress › opsætnings- og konfigurationsfil<!-- Bot genereret titel -->]</ref><ref>[http://www.tipsbladet.dk/nyhed/superliga/fc-nordsjaelland-sender-talent-til-vestsjaelland FC Nordsjælland sender talent til Vestsjælland | Tipsbladet.dk<!-- Bot genereret titel -->]</ref><ref>[http://www.b.dk/sport/fcn-saetter-talent-paa-graes-i-fc-vestsjaelland FCN sætter talent på græs i FC Vestsjælland - Sport | www.b.dk<!-- Bot genereret titel -->]</ref>
