Waterston var den tredje i rækken af firefire søskende, (Roberta, George og Ellen) og hans mor, Alice Tucker (født Atkinson), var en amerikansk efterkommer af skibet [[Mayflower]], der arbejdede som [[Landskabsmaleri|landskabsmaler]], og hans far, George Chychele Waterston, var en indvandrer fra Leith, [[Skotland]], og blev uddannet som semantisk og sproglærer. Han trådte [[Yale University]] efter at være blevet tildelt et legat i [[1958]] og han dimitterede med en [[bachelorgrad]] i 1962. Efter eksamen fra Yale, han studerede på [[Clinton Playhouse]] i flere måneder.
