Bruger:Drlectin/sandkasse6

• Bruger:Drlectin/væsentligebidrag
• bruger:Drlectin/sandkasse
• Biokemi UNDER UDARBEJDELSE. Bruger:Drlectin/sandkasse1
• Peptider UNDER UDARBEJDELSE. Bruger:Drlectin/sandkasse2
• Hormoner og vækstfaktorer. UNDER UDARBEJDELSE Bruger:Drlectin/sandkasse3
• Trimer, IgSF, TMD. UNDER UDARBEJDELSE Bruger:Drlectin/sandkasse4
• Molekylær evolution UNDER UDARBEJDELSE bruger:Drlectin/sandkasse5
• Bruger:Drlectin/sandkasse6

Bruger:Drlectin/sandkasse6

PolyQ-tragt

En polyglutamin-tragt, polyQ-tragt, polyglutamin-kanal eller polyQ-kanal er en del af et protein, der består af en sekvens af flere glutaminenheder (Q er koden for aminosyren glutamin). Proteiner kan typisk indeholde en polyQ-tragt bestående af fra 10 til nogle få hundrede glutamin-enheder.

Et antal gener i forskellige eukaryote arter, inklusive mennesket, indeholder en sekvens af nukleotidtripletten CAG eller CAA, kaldet et CAG-repeat eller et CAA-repeat, eller generelt et trinukleotid-repeat. Når genet oversættes til et protein, giver hver af disse CAG-tripletter en glutaminenhed, hvilket resulterer i en polyQ-tragt. Forskellige alleler af et sådant gen har ofte forskelligt antal CAG- eller CAA-tripletter, da den meget gentagne sekvens er tilbøjelig til at undergå sammentrækning og ekspansion. Som følge deraf vil proteinet have enstørre eller mindre polyQ-tragt.

Antallet af glutaminenheder og størrelsen af polyQ-tragten i et protein har betydning for struktur og funktion af proteinet. Ved en ekspanderet polyQ-tragt dannes kompakte og uopløselige proteinstrukturer, der gradvis akkumulerer og resulterer i uopløselige proteinaggregater, som kan vokse sig store (makroskopiske) og ses i flere arvelige neurodegenerative sygdomme. Sådanne proteinaggregater beskrives som prionlignende og cytotoksiske. Disse sygdomme grupperes nu som polyQ-sygdomme.

Vigtige eksempler på polyglutaminsygdomme er spinocerebellar ataksi og Huntingtons sygdom. Gentagen trinukleotidekspansion i en forældrekimcelle kan føre til børn, der udviser en tidligere indtræden og en større alvorlighed af tilstanden. Jo større polyQ-tragten er, jo tidligere i livet har disse sygdomme tendens til at dukke op.[2]

Der arbejdes på denne tekst i øjeblikket! Vent venligst med at redigere den, eller kontakt den bruger som satte denne skabelon på siden. Med venlig hilsen Drlectin (diskussion) 2. jul. 2023, 23:18 (CEST)

PolyQ-sygdomme er sygdomme med den samme biokemiske mekanisme som grundlag, en ekspansion af en CAG-repeat sekvens. Der kendes i øjeblikket 10 neurodegenerative sygdomme der betegnes som polyQ-sygdomme, polyglutamin-sygdomme, polyQ-ekspansionssygdomme eller CAG-repeat sygdomme.

Disse sygdomme (se tabellen nedenfor) er eksempler på at vidt forskellige proteiner med en polyQ-tragt med en mutation, der giver et motiv af ekspanderet polyQ, resulterer i proteinaggregater der hæmmer de normale cellefunktioner.

Sygdom	Alm. navn	Protein	Normal funktion	PolyQ
Huntingtons sygdom (HD)		Huntingtin	aksontransport	36–100
Spinobulbar Muscular Atrophy (SBMA)	Kennedys sygdom	Androgen Receptor	hormonreceptor	38–65
Dentatorubral-pallidoluysian atrophy (DRPLA)	Haw River Syndrome	Atrophin-1	co-repressor	49–88
Spinocerebellar ataxia type 1 (SCA1)		Ataxin-1	regulering af genekspression	39–88
Spinocerebellar ataxia type 2 (SCA2)*		Ataxin-2	RNA kontrol	33–77
Spinocerebellar ataxia type 3 (SCA3)	Machado-Joseph	Ataxin-3	kontrol af protein turnover	55–86
Spinocerebellar ataxia type 6 (SCA6)		CACNA1A	del af spændingsstyret Calcium-kanal	21–33
Spinocerebellar Ataxia Type 7 (SCA7)		Ataxin-7	transkriptionsregulering	38–120
Spinocerebellar Ataxia Type 12 (SCA12)		PPP2R2B	fosfatase	66–78
Spinocerebellar Ataxia Type 17 (SCA17)		TATA-bindende protein	generel transkriptionsfaktor	47–63

PolyQ angiver det antal repeats der ligger ud over det normale og som medfører aggregatdannelse.

^*Ataxin-2 med polyQ-ekspansion er også en risikofaktor for amyotrofisk lateral sklerose (ALS).

OBS. Nogle links i tabellen er til den engelske Wikipedia.

Virus

Virus består af et genom og nogle gange et par enzymer, der er indlejret i en proteinkappe (kaldet en kapsid), eventuelt omkrandset af membrankappe (en lipid-membran, eng. envelope). Virus kan ikke formere sig alene, men overtager i stedet for en værtscelle og underkaster værtscellens molekylære maskineri til at fremstille kopier af sig selv og således producere den næste generation.

De virale livscyklusser varierer i deres detaljer, afhængigt af virustypen, men de har alle et generelt mønster:

Vedhæftning til en værtscelle Overførsel af virus-genomet og eventuelt nogle enzymer til værtscellen Replikation af virale komponenter under anvendelse af værtscellen molekylære maskineri Samling af virus-komponenterne til komplette virus-partikler. Frigivelse af virus-partiklerne fra værtscellen for at inficere nye værtsceller.

https://en.wikipedia.org/wiki/User:Graham_Beards/viruses/What_are_viruses

Dyresygdomme

• Fugleinfluenza (aviær influenza)
• Hundegalskab
• Kvægpest Rinderpest
• Svinepest hos svin
• Virulent Newcastle disease, tidligere Newcastle Disease eller eksotisk Newcastle Disease forårsages af NDV

Størrelse

De fleste virus, der er undersøgt, har en diameter mellem 20 og 300 nm. Nogle filovirus har en længde på op til 1400 nm men deres diameter er kun omkring 80 nm.

En komplet viruspartikel, kendt som en virion, består af nukleinsyre omgivet af et beskyttende lag med protein kaldet en kapsid . Disse er dannet af identiske proteinunderenheder kaldet capsomeres . Virus kan have en lipid "konvolut" afledt af værten cellemembranen . Kapsiden er lavet af proteiner, der kodes af det virale genom, og dets form tjener som grundlag for morfologisk skelnen. Viral-kodede proteinunderenheder samles selv for at danne en kapsid, hvilket generelt kræver tilstedeværelsen af virusgenomet. Komplekse vira koder for proteiner, der hjælper med konstruktionen af deres kapsid. Proteiner, der er associeret med nukleinsyre, er kendt som nukleoproteiner, og forbindelsen af virale kapselproteiner med viral nukleinsyre kaldes et nukleocapsid. Kapsiden og hele virusstrukturen kan testes mekanisk (fysisk) gennem atomkraftmikroskopi . Generelt er der fire vigtigste morfologiske virustyper:

Genomers størrelse

UPandoraviruses have double stranded DNA genomes, with the largest genome size (2.5 million base pairs) of any known viral genus.[4] largest—the pandoraviruses—have genome sizes of around two megabases which code for about 2500 proteins

The biggest known viruses are Mimivirus (750 nanometer capsid, 1.2 million base pair DNA) and Megavirus (680 nanometer capsid, 1.3 million base pair DNA). These giant viruses have all been isolated from environmental samples, and many infect amoebae. Mimivirus, a nucleocytoplasmic large DNA virus with a genome size of about 1.1 megabases, was described in 1992 but not recognized as a virus until 2003.[6] Megavirus, discovered in seawater off the coast of Chile in 2011, has a genome size of approximately 1.2 megabases.[7]

bacteriophage Phi-X174 with a genome single-stranded DNA size of 5386 nukleotider, der koder for 11 proteiner. However, some ssDNA viruses can be even smaller. Viruses have the smallest genomes in nature. For instance, bacteriophage MS2 consists of only 3569 nucleotides (single-stranded RNA) and encodes just four proteins.[6] Similarly, among eukaryotic viruses, porcine circoviruses are among the smallest.[7] They encode only 2–3 open reading frames.

hepatitis delta virus (HDV), men kun ved en coinfektion med HBV. HDV er en lille membrankappet virusoid (dvs. en lille virus-partikel) med et cirkulært genom af -ssRNA af kun 1.679 nukleotider, som gør HDV til den mindste af alle sygdomsfremkaldende virus. HDV-genomet er det mindste funktionelle genom, man kan forestille sig, da det kun koder for 1 protein.

Overlappende gener

To til fire overlappende gener er karakteristisk for de fleste virus.

RNA overlappende gen er et gen, hvis ekspressible nukleotidsekvens delvist overlapper med den ekspressible nukleotidsekvens i et andet gen. På denne måde kan en nukleotidsekvens yde et bidrag til funktionen af et eller flere genprodukter . Overtryk henviser til en type overlapning, hvor hele eller dele af sekvensen af et gen læses i en alternativ læseramme fra et andet gen på det samme sted . Overtryk er blevet antaget som en mekanisme til de novo- fremkomst af nye gener fra eksisterende sekvenser, enten ældre gener eller tidligere ikke-kodende regioner i genomet. Overtrykte gener er især almindelige træk ved den genomiske organisering af vira, hvilket sandsynligvis vil øge antallet af potentielle udtrykkelige gener fra et lille sæt viral genetisk information.

https://en.wikipedia.org/wiki/User:Graham_Beards/viruses/What_are_viruses

Molekylær evolution

er processen med ændring i sekvenssammensætningen af cellulære molekyler såsom DNA, RNA og proteiner gennem generationer. Området molekylær evolution bruger principper for evolutionær biologi og populationsgenetik til at forklare mønstre i disse ændringer. Vigtige emner i molekylær evolution vedrører hastighederne og virkningerne af enkelt nukleotidændringer, neutral udvikling vs. naturlig selektion, oprindelsen af nye gener, den genetiske natur af komplekse træk, det genetiske grundlag for specifikation, udvikling af udviklingen og måder, som evolutionære kræfter påvirker genomiske og fænotypiske ændringer.

Membrankappe

Nogle vira (f.eks HIV og mange dyrevira) har virale konvolutter som deres ydre lag på stadiet af deres livscyklus, når de er mellem værtsceller. Nogle indhyllede vira har også et proteinlag kaldet en kapsid mellem kuverten og deres genom . Kuverterne typisk afledt fra dele af de host -cellemembraner ( phospholipider og proteiner), men omfatter nogle virale glycoproteiner . De kan hjælpe vira med at undgå værtens immunsystem . Glycoproteiner på overfladen af konvolutten tjener til at identificere og binde til receptorsteder på værtens membran. Den virale konvolut smelter derefter sammen med værtens membran, hvilket tillader kapsidet og det virale genom at komme ind og inficere værten.

Nogle vira er indhyllet, hvilket betyder, at kapslen er coatet med en lipidmembran kendt som den virale indhylling . Konvolutten erhverves af kapsiden fra en intracellulær membran i virussen vært; eksempler inkluderer den indre kernemembran, Golgi- membranen og cellens ydre membran .

Den celle, hvorfra virussen selv knopper, dør ofte eller bliver svækket og kaster mere virale partikler i en længere periode. Lipid-dobbeltlagskonvolutten af disse vira er relativt følsom over for udtørring, varme og detergenter, derfor er disse vira er lettere at sterilisere end ikke-indkapslede vira, har begrænset overlevelse uden for værtsmiljøer og skal typisk overføres direkte fra vært til vært. Indhyllede vira besidder stor tilpasningsevne og kan ændre sig på kort tid for at undgå immunsystemet. Indhyllede vira kan give kroniske infektioner.

Kapsid

En kapsid er en proteins shell af en virus . Det består af adskillige oligomere strukturelle underenheder lavet af protein kaldet protomerer . De observerbare 3-dimensionelle morfologiske underenheder, som måske ikke svarer til individuelle proteiner, kaldes capsomerer . Kapsiden omslutter virussets genetiske materiale .

Kapsider klassificeres stort set efter deres struktur. Størstedelen af vira har kapsider med enten spiralformet eller icosahedral struktur. Nogle vira, såsom bakteriofager, har udviklet mere komplicerede strukturer på grund af begrænsninger af elasticitet og elektrostatik. Den icosahedrale form, der har 20 ligesidede trekantede flader, er tilnærmelsesvis en kugle, mens den spiralformede form ligner formen på en fjeder, der tager rummet på en cylinder, men ikke selv er en cylinder. Kapsidfladerne kan bestå af et eller flere proteiner. F.eks. Har mund- og klovesygeviruskappid ansigter, der består af tre proteiner med navnet VP1–3.

Mumps virus

The mumps virus is an enveloped, single-stranded, linear negative-sense RNA virus of the genus Orthorubulavirus and family Paramyxovirus. The genome consists of 15,384 bases encoding nine proteins. Proteins involved in viral replication are the nucleoprotein, phosphoprotein, and polymerase protein while the genomic RNA forms the ribonucleocapsid.[3][4][13] Humans are the only natural host for the virus.

Mumps orthorubulavirus er det forårsagende middel til fåresyge . Tegnene på kusma inkluderer hævelse af parotidkirtler, spytkirtler og andet epitelvæv . Symptomer på fåresyge er træthed, kropsmerter, hovedpine, appetitløshed, lav kvalitet feber, hævelse i spytkirtlerne. Kusma kan også resultere i muskelsmerter, døvhed, meningitis, pancreatitis, hævelse af testikler eller æggestokke og død. De fleste mennesker, der får fåresyge, viser symptomer på virussen, men der er kun få, der ikke viser nogen eller meget få symptomer. Naturlig infektion er i øjeblikket begrænset til mennesker, og virussen overføres ved direkte kontakt, dråbspredning eller kontaminerede genstande.

Elektronmikroskopi (EM) afslørede, at fåresygevirussen (MuV) har et indhyllet små infektiøse agenser med nogenlunde sfæriske former. Paramyxoviruspartikler kan have størrelser fra 120 til 450   nm i diameter. Disse partikler består af det, der er kendt som et ribonucleoprotein (RNP) -kompleks: et enkeltstrenget, lineært RNA- genom belagt med nucleocapsid-proteiner (NP) i forbindelse med et RNA-polymerasekompleks af både store (L) og phosphoprotein (P) subenheder . Det er blevet estimeret, at over 2.000 sådanne NP-molekyler belægger genomet sammen med ca. 250 P- og 25 L-molekyler.

Denne RNP-struktur interagerer med den virale konvolut via matrix (M) proteiner, der er jævnt fordelt omkring virionen. Konvolutten, et lipid-dobbeltlag afledt fra værtscelle-plasmamembranen, indeholder flere kopier af et antal glycoproteiner, der kræves til virusindtræden og -udgang: hæmagglutinin-neuraminidase (HN), fusion (F) og det lille hydrofobe protein (SH) -protein .

Denne molekylære samling af protein, RNA og lipider tillader en enkelt virus at binde til og inficere specifikke celler og replikere sig selv og endelig forlade cellen, der skal overføres til den næste følsomme vært. Kusmavirus kan inficere ependymale celler i det centrale nervesystem .

Selv om der kun er en serotype af fåresygevirussen, er der i øjeblikket 12 genotyper AN (nemlig A, B, C, D, F, G, H, I, J, K, L, N). Typeskemaet er baseret på sekvensen af det lille hydrofobe (SH) gen.