Frederiks stilling var yderst vanskelig. Ud ad til truedes han stadig af Christian II, og han måtte da støtte sig til Lübeck og Sverige, men det var upålidelige forbundsfæller, som kun frygten for Christian II’sIIs genindsættelse holdt sammen. Indad til blev havde kongen sine magtkampe med rigsrådet. Sparsommelig, som han var, lå han i vedvarende strid med rådet om større indtægter af riget. For at sætte sin mening igennem truede han af og til med at nedlægge regeringen eller at søge forlig med Christian II, så måtte rigsrådet bevilge skatter, gejstligheden falde til føje og spæde godt til, men forholdet vedblev at være usikkert. Under disse forhold opholdt Frederik sig helst på Gottorp og kom sjældent og da kun for kortere tid til kongeriget.
Under de usikre forhold måtte kongen handle varsomt. Han forstod nødvendigheden af at vinde de lavere stænder for sig, og blandt befolkningen i hertugdømmerne færdedes han jævnt og ligefremt, men han kunne ikke bryde med de højere stænder, der havde sat ham på tronen. Han søgte, lige som Christian II, at få [[vornedskabet]] indskrænket, men måtte opgive det på grund af rigsrådets modstand. Københavns og Malmøs borgerskab søgte han at vinde for sig ved at lægge valget af øvrigheden i det menige borgerskabs hænder, og borgmestrenes antal forøgedes. Gilder og lav blev endog ophævede den 6. december 1526. Men de lavere stænder, [[borger]]e og [[bonde|bønder]], så fortsat hen til Christian II som deres naturlige beskytter.
Christian 2.'s statholder på [[Gotland]], [[Søren Norby]] gik i 1525 land i det vestlige [[Blekinge]] i et desperat forsøg på at få genindsat Christian 2. på Danmarks trone, og det lykkedes at samle ikke mindre end 8.000 mand, som indledte en belejring af [[Helsingborg Slot]]. Frederik 1.’ss holstenske hærfører [[Johan Rantzau]] med en hær på 900 knægte og 400 ryttere samt [[artilleri]] forenede sig dog med den danske adelshær samt et kontingent svenske tropper. Disse knuste den utrænede bondehær i to blodige slag ved Lund den [[28. april]] og ved [[Bunketofte]] på [[Helsingborgsletten]] den [[4. maj]] 1525. I [[Slag ved Lund|slaget ved Lund]] blev bønderne forfulgt helt ind i byens [[domkirke]], og 60 borgere, som havde søgt tilflugt i domkirken, blev slæbt ud og slagtet af [[soldat]]erne. Bondehærens tab blev sat til cirka 3.000 døde.
